Keurhout is in 1996 met (financiële) steun van en in nauwe samenwerking met de Nederlandse overheid opgericht door bedrijfsleven (handel, verwerkende industrie) en vakbonden. Tot eind 2003 functioneerde Keurhout als een stichting. Vanaf 1 januari 2004 wordt de dienstverlening van Keurhout gefaciliteerd door de Koninklijke Vereniging Van Nederlandse Houtondernemingen (VVNH).
De VVNH vervult algemene bestuurstaken, neemt strategische besluiten m.b.t. het Keurhout-systeem, stelt de protocollen vast, voert de ledenadministratie en financiert de diverse onderdelen. De VVNH treedt daarmee op als Keurhout Management Autoriteit (KH-MA).
Een onafhankelijk College van Deskundigen (CvD) is verantwoordelijk voor de toetsing van certificaten en besluitname over aanvragen voor toelating tot het Keurhout systeem (KH-Legaal en/of KH-Duurzaam). Sinds januari 2010 functioneert het CvD onder de vleugels van de onafhankelijke certificerende instantie SKH. Deze geaccrediteerde organisatie adviseert het CvD waar wenselijk met betrekking tot haar functioneren, zodat aan alle relevante accreditatie normen voldaan wordt
Een eveneens onafhankelijk College van Beroep (CvB) heeft tot taak eventuele beroepen over toelatingen of afwijzingen te behandelen.
Onafhankelijke certificeerders (CB’s) voeren de feitelijke controle uit op de CoC in de EU.
