Keurhout controleert de verwerkings- en handelsketen (CoC) van het land van herkomst tot in consumptielanden (bijvoorbeeld Nederland of andere EU landen) nauwlettend, totdat het gecertificeerde product uiteindelijk bij de eindafnemer terechtkomt. Het controleproces van de complete verwerkingsketen omvat onder meer het merken van de stam, het hout, halffabricaten en eindproducten, het controleren van de identificatie van herkomst en het voorkomen van vermenging van gecertificeerd hout met partijen niet-gecertificeerd hout. Het systeem is gebaseerd op betrouwbare registratie van alle schakels in de keten van oogst tot eindproduct.
Het Keurhout-systeem behelst zowel de beoordeling van de CoC-certificering in het land van herkomst, maar met name de controle op de CoC in consumptielanden (KH-CoC). Beide trajecten sluiten naadloos op elkaar aan. In het land van herkomst wordt de registratie van gecertificeerd hout uitgevoerd door de houtproducent en iedere voortgaande schakel in de keten, zowel m.b.t. transport als verwerking. Regelmatige controle hierop vindt plaats door een onafhankelijke certificerende instelling (CB). Keurhout beoordeelt de oorspronkelijke aanvraag en valideert de voortgangsrapportages, waaruit moet blijken dat nog aan de voorwaarden voldaan wordt. In consumptielanden wordt de registratie van gecertificeerd hout uitgevoerd door de bedrijven die aan Keurhout deelnemen. Deze houden precies bij van wie ze gecertificeerd hout kopen, hoe zij het verwerken en aan wie zij het verkopen.
Door toezicht en controle op dit proces door onafhankelijke CB’s kan Keurhout garanderen dat hout met een legaal of duurzaam Keurhout Keurmerk ook daadwerkelijk aan de voorwaarden voor respectievelijk legale of duurzame houtproductie voldoet. In het kader van Keurhout-Duurzaam (KH-SFM) accepteert Keurhout zowel fysieke scheiding als administratieve scheiding (proportionaliteitsprincipe) van gecertificeerde en niet-gecertificeerde houtstromen. In het laatste geval is een deel van de houtinvoer gecertificeerd en mag slechts een gerelateerd percentage van het product als 100% duurzaam verkocht worden.
Er worden extra eisen gesteld aan het controlesysteem: a. controle vindt plaats op basis van een periode van één jaar; b. het berekende percentage moet geverifieerd worden door een onafhankelijke CB; c. menging mag alleen plaatsvinden binnen dezelfde soort, product en kwaliteit en op voorwaarde dat het bijgemengde materiaal van legale herkomst is/voldoet aan de eisen van het KH-Legaal systeem. In het kader van Keurhout Legaal (KH-LET) is in productielanden alléén fysieke scheiding toegestaan.